Устюженский краеведческий музей был основан 30 июня 1921 года. До 1926 года он существовал как «Устюженский художественный музей». Первым директором музея была Е.Н. Кириллова, которая совместно с заведующим местной секцией по охране памятников искусства и старины Б.Г. Кирилловым положила начало формированию коллекций произведений изобразительного искусства.
С 1926 года Устюженский музей стал называться музеем местного края, а затем Устюженским краеведческим музеем. С 1936 года он стал располагаться в соборе Рождества Богородицы – памятнике архитектуры II-ой половины ХVII века.
Коллекции музея формировались из поступлений Государственного музейного фонда Эрмитажа, от частных лиц, учреждений и организаций, в результате археологических и этнографических экспедиций с участием работников музея. Часть коллекций была пополнена после передачи произведений искусства, утвари, одежды и др. в результате закрытия местных храмов и национализации дворянских усадеб в 1920-е - 1930-е гг. Большую научную и фондообразовательную работу с 1928 по 1959 год провел бывший директор музея Б.М Яковцевский.
В 1966 году в ведение музея был передан дом Батюшковых и А.И. Куприна в п. Даниловское, бывший до этого Народным музеем. С 1987 года он становится филиалом Устюженского краеведческого музея и называется «Музей-усадьба Батюшковых и А.И. Куприна».
В современную экспозицию музея входят: отдел истории, художественный отдел и выставочный зал.
Отдел истории знакомит посетителей с историей края с древнейших времен и до начала ХХ вв. Во входной музея - выставка «Устюжна – город кузнецов» в постоянной экспозиции, посвященная истории Межрегионального фестиваля кузнечного мастерства «Железное Поле», который с 2007 года ежегодно проводится в Устюжне в рамках Поздеевской ярмарки. Фестиваль способствует возрождению древних кузнечных традиций и развитию современного кузнечного промысла.
В художественный отдел музея входят зал древнерусской живописи, масляной живописи конца XVIII – начала XX вв. и выставка коллекции фарфора. В зале древнерусской живописи, представлен сохранившийся четверик собора с мемориальным иконостасом XVII века, работы мастеров Московской оружейной палаты.
Также, в зале древнерусской живописи в постоянной экспозиции - выставка «Русские святые на устюженской земле», посвященная русским святым, родившимся или совершившим молитвенный подвиг на устюженской земле. Это: преподобномученик Евфросин Синозерский, преподобный Гурий Шалочский, преподобный Филарет Устюженский, преподобномученица Елизавета Сулимова (Серафима Ферапонтовская), проповедник Иоанн Кронштадтский, священномученик митрополит Иосиф Петровых, устюженский юродивый Афанасий Железный посох. Они своим подвижничеством прославили устюженскую землю.
Масляная живопись отдела представлена полотнами И.К. Айвазовского, Б.М. Кустодиева, К.Я. Крыжицкого, Ю.Ю. Клевера и др.
В одном из залов музея постоянно действует выставка «Птицы и звери нашего края».
В выставочном зале проводятся выставки различной тематики.